O guarda-redes brasileiro chega ao Rio Ave FC depois de representar o Moreirense FC e o Vitória SC. Com experiência de Primeira Liga, Jhonatan já disputou mais de 60 partidas em Portugal. No Brasil defendeu as cores do Joinville, clube onde fez a sua formação, e do Operário Ferroviário. No seu currículo conta já com 3 títulos, sendo o maior destaque a conquista da Série B do Brasil, em 2014, pelo Joinville. Pela mesma formação venceu o Campeonato Paranaense (2015) e a Copa Santa Catarina (2012).