Da Segunda Divisão B ao escalão mais alto do futebol português. A década de 90 fica na memória como o início da profissionalização do Clube. Uma época na 2ª Divisão B, quatro épocas na 2ª Divisão Nacional e quatro no principal escalão do futebol português permitiu ao Rio Ave Futebol Clube assumir uma posição de equipa candidata à estabilização no futebol nacional.
A década de 90 começa com o Rio Ave FC a subir à 2ª Divisão Nacional, depois de terminar em primeiro na zona norte e terminar a fase de campeão a apenas um ponto da Ovarense, que viria a sagrar-se campeã da 2ª Divisão B. Numa equipa quase amadora, destacaram-se nomes como Carlos Brito, Eduardo Bragança, João Eusébio ou Karim que permitiram ao nosso clube voltar aos escalões mais altos do futebol português.
Após cinco épocas na 2ª Divisão Nacional, o Rio Ave Futebol Clube conquista o seu primeiro título no segundo escalão do futebol português. Na época de 1995/96, o nosso clube termina o campeonato com 68 pontos e com um registo de 58 golos marcados e 42 sofridos, com Henrique Calisto no comando. Vitória Futebol Clube e SC Espinho foram os outros dois clubes a acompanhar o Rio Ave Futebol Clube até à 1ª Divisão.
Omer, Camberra, Sérgio China e Augusto Gama eram alguns dos nomes de destaque numa equipa que fica para a história ao ser a primeira a conquistar o título da 2ª Divisão Nacional. O croata, Omer, acabou mesmo por ser o segundo melhor marcador da competição, com 19 golos apontados.
Após a subida, o Rio Ave Futebol Clube manteve-se quatro épocas no principal escalão do futebol português (tendo conquistado um 9º lugar na época 1997/98) e começava a lançar jovens jogadores da sua formação que, mais tarde, seriam jogadores de destaque no futebol nacional.